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Geospatial immune variability illuminates differential evolution of lung adenocarcinoma
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TRACERx Consortium (Including:
). (2020) Geospatial immune variability illuminates differential evolution of lung adenocarcinoma. Nature Medicine, 26 . pp. 1054-1062. doi:10.1038/s41591-020-0900-x ISSN 1078-8956.
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Official URL: https://doi.org/10.1038/s41591-020-0900-x
Abstract
Remarkable progress in molecular analyses has improved our understanding of the evolution of cancer cells toward immune escape. However, the spatial configurations of immune and stromal cells, which may shed light on the evolution of immune escape across tumor geographical locations, remain unaddressed. We integrated multiregion exome and RNA-sequencing (RNA-seq) data with spatial histology mapped by deep learning in 100 patients with non-small cell lung cancer from the TRACERx cohort. Cancer subclones derived from immune cold regions were more closely related in mutation space, diversifying more recently than subclones from immune hot regions. In TRACERx and in an independent multisample cohort of 970 patients with lung adenocarcinoma, tumors with more than one immune cold region had a higher risk of relapse, independently of tumor size, stage and number of samples per patient. In lung adenocarcinoma, but not lung squamous cell carcinoma, geometrical irregularity and complexity of the cancer–stromal cell interface significantly increased in tumor regions without disruption of antigen presentation. Decreased lymphocyte accumulation in adjacent stroma was observed in tumors with low clonal neoantigen burden. Collectively, immune geospatial variability elucidates tumor ecological constraints that may shape the emergence of immune-evading subclones and aggressive clinical phenotypes.
Item Type: | Journal Article | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Subjects: | R Medicine > RC Internal medicine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Divisions: | Faculty of Science, Engineering and Medicine > Science > Computer Science | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Library of Congress Subject Headings (LCSH): | Cancer cells , Cancer cells -- Molecular aspects, Cancer -- Immunological aspects, Small cell lung cancer , Lungs -- Cancer -- Diagnosis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Journal or Publication Title: | Nature Medicine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Publisher: | Nature Publishing Group | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ISSN: | 1078-8956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Official Date: | July 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Dates: |
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Volume: | 26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Page Range: | pp. 1054-1062 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DOI: | 10.1038/s41591-020-0900-x | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status: | Peer Reviewed | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Publication Status: | Published | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Access rights to Published version: | Restricted or Subscription Access | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Date of first compliant deposit: | 1 June 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Date of first compliant Open Access: | 27 November 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
RIOXX Funder/Project Grant: |
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