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Guidelines for genome-scale analysis of biological rhythms
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(2017) Guidelines for genome-scale analysis of biological rhythms. Journal of Biological Rhythms, 32 (5). pp. 380-393. doi:10.1177/0748730417728663 ISSN 0748-7304.
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Official URL: http://dx.doi.org/10.1177/0748730417728663
Abstract
Genome biology approaches have made enormous contributions to our understanding of biological rhythms, particularly in identifying outputs of the clock, including RNAs, proteins, and metabolites, whose abundance oscillates throughout the day. These methods hold significant promise for future discovery, particularly when combined with computational modeling. However, genome-scale experiments are costly and laborious, yielding “big data” that are conceptually and statistically difficult to analyze. There is no obvious consensus regarding design or analysis. Here we discuss the relevant technical considerations to generate reproducible, statistically sound, and broadly useful genome-scale data. Rather than suggest a set of rigid rules, we aim to codify principles by which investigators, reviewers, and readers of the primary literature can evaluate the suitability of different experimental designs for measuring different aspects of biological rhythms. We introduce CircaInSilico, a web-based application for generating synthetic genome biology data to benchmark statistical methods for studying biological rhythms. Finally, we discuss several unmet analytical needs, including applications to clinical medicine, and suggest productive avenues to address them.
| Item Type: | Journal Article | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Subjects: | Q Science > QH Natural history > QH301 Biology | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Divisions: | Faculty of Science, Engineering and Medicine > Science > Mathematics Faculty of Science, Engineering and Medicine > Research Centres > Warwick Systems Biology Centre |
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| Library of Congress Subject Headings (LCSH): | Circadian rhythms, Biological rhythms, Diurnal rhythms, Computational biology, Genetics -- Mathematical models, Genomics, Genomes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Journal or Publication Title: | Journal of Biological Rhythms | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Publisher: | Sage Publications Ltd. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ISSN: | 0748-7304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Official Date: | 1 October 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Dates: |
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| Volume: | 32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Number: | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Page Range: | pp. 380-393 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| DOI: | 10.1177/0748730417728663 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Status: | Peer Reviewed | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Publication Status: | Published | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Access rights to Published version: | Open Access (Creative Commons) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Date of first compliant deposit: | 7 December 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Date of first compliant Open Access: | 7 December 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RIOXX Funder/Project Grant: |
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